系統性紅斑狼瘡（SLE）的免疫發病機制包括B淋巴細胞異常、抗DNA抗體異常、T淋巴細胞異常以及補體系統異常等。 在正常個體中， 異常的免疫反應(包括高反應性T輔助細胞和高反應性B細胞的免疫球蛋白合成)受到抑制， 對機體有潛在危害的免疫複合物被清除；而在SLE患者， 其體內的這種抑制性控制機制存在著缺陷。 SLE的發病就是由於易感基因與環境刺激之間的相互作用， 導致異常的免疫反應， 產生具有致病作用的自身抗體和免疫複合物， 從而引起器官和組織損傷。
B淋巴細胞異常：骨髓中多克隆B細胞的過度產生，
抗DNA抗體異常：由於SLE患者體內並無游離的DNA， 因此許多學者認為凋亡細胞可能是SLE患者DNA抗體產生的原因。 現已發現SLE患者外周血內可溶性Fas的水準異常增高， 提示可能存在著免疫細胞凋亡機制的障礙。
T淋巴細胞異常：T抑制細胞減少及其對B淋巴細胞調節功能的異常， 亦可能與細胞凋亡的紊亂有關。 T淋巴細胞的異常又可以引起細胞因數的表達紊亂， 產生異常的免疫、炎症反應。
補體系統異常：SLE患者的補體系統缺陷， 可導致免疫複合物不能被迅速吞噬而清除， 從而導致免疫複合物異常沉積。
