1. 病毒學應答：HBV DNA（乙肝病毒DNA）水準是乙肝病毒複製的指標， 治療期間HBV DNA水準的變化是衡量抗病毒藥物有效性最重要的一項指標。 HBV DNA轉陰被稱為：完全病毒學應答；HBV DNA未轉陰， 則提示病毒學應答不佳。
2. 血清學應答：指經治療後HBeAg（e抗原）轉陰或HBeAb（e抗體）陽性， 這預示進入乙肝病毒非活動或低複製期， 病毒受到持久抑制， 病情趨於穩定；治療後HBsAg（表面抗原）轉陰或HBsAb（表面抗體）陽性， 這預示著HBV複製被持續控制， 該治療終點最接近臨床治癒， 達到了抗病毒治療的最佳效果。
3. 生化學應答：主要是指肝功能恢復正常，
4. 組織學應答：肝穿刺活組織檢查是確定肝臟炎症程度和纖維化程度的金標準。 抗病毒藥物治療前後進行肝穿刺檢查， 通過分級或評分的方法可以判斷藥物治療的效果。
判斷抗病毒療效的關鍵點是什麼時候？
治療半年（24周）時， HBV DNA是否轉陰是判斷藥物療效的關鍵時間點。 此時如果HBV DNA轉陰說明療效非常理想， 可以繼續單藥治療， 遠期療效好。 如果HBV DNA未轉陰， 則表示抗病毒效果不理想， 遠期可能發生耐藥， 此時應該及時加藥以期取得最佳治療效果。
備註：對於阿德福韋酯和恩替卡韋的最佳監測時間點和判斷數值可能有所不同
藥物療效不佳，
現在國內外越來越多的醫生建議， 如果半年檢測時發現療效不佳， 在保持原來單藥治療的基礎上， 加用一種沒有交叉耐藥位點的藥物進行聯合治療是最佳選擇。 比如最初服用拉米夫定的患者， 治療半年時， 如果發現HBV DNA水準在1×10 3拷貝/ml以上時可以加用阿德福韋酯， 不僅療效好， 而且將來耐藥率更低。 新出版的《慢性乙型肝炎防治指南》強調：拉米夫定治療失敗患者換用恩替卡韋每日1.0mg的療效下降， 病毒學突破的發生率明顯增高。 這提示遠期耐藥發生率明顯增高。 由此可見， 加藥是應對療效不佳的最好選擇， 換藥只會增加耐藥的風險。 阿德福韋酯與拉米夫定、替比夫定、恩替卡韋都不會發生交叉耐藥，
