本病發病機理並未闡明。 由於本病病人皮膚和肝臟中都能檢測到IgA沉積, 提示為系統性疾病。 由於在腎小球系膜區和毛細血管均可有顆粒狀IgA和C3沉積, 提示其免疫複合物性發病機理。 現時的研究圍繞著抗原通過粘膜的能力、粘膜屏障是否存在缺陷;IgA結構是否有缺陷和免疫調節功能是否有缺陷等方面展開。 早年的研究曾提示本病所沉積的IgA可能是粘膜源性的。 然而近年的研究使用了高度專一性的技術, 證實本病所沉積的是IgA1, 主要是系統源性的, 主要由骨髓和淋巴系統所產生;粘膜源性的IgA2則主要見於肝源性腎小球硬化症中的IgA沉積中。
眾多的抗原, 包括多種病毒和多種食物的抗原可在本病病人的系膜區中被檢出, 並常常伴有IgA1沉積。 這些抗原的抗體也屬IgA1。 由於這些抗體也可存在于正常人的迴圈中, 上述抗原並無專一性或特徵性。
有證據提示本病存在免疫調節異常。 本病的含IgA1迴圈免疫複合物中, 發現有多聚的IgA1類風濕因數;抗α重鏈Fab片斷的IgG抗體增多而IgM抗體減少。
本病病人血清和系膜中可檢出抗牛血清白蛋白多克隆基因型抗體, 其滴度與血尿相關。 最近, 有人用從病人腎皮質和腎小球中獲得的IgA得到了5種單克隆抗基因抗體, 它們與病人血清或漿細胞反應差, 而與其腎臟組織有很高的反應率, 提示腎臟的沉積是與這些多克隆IgA抗體的異常性質有關。 此外, 在本病病人中發現有β1, 3-半乳糖轉移酶缺陷,
綜上所述, 抗原的沉積, 伴或不伴細胞介導的免疫應答, IgA複合物形成速度和具有IgAFc受體的系膜細胞或嗜中性粒細胞的清除效率參與了整個發病機制, 而細胞因數和生長因數則主要參與了系膜增生和硬化的機制。