目前兒童多動症的治療僅用行為療法效果一般， 因此很多患兒都採用了藥物治療。 值得注意的不論是多麼特效的藥物， 也存在有一些不良反應， 因此在多動症患兒服用藥物治療時家長應多加注意， 以免對孩子造成影響。
食欲下降
主要出現在早上或中午， 多數兒童在傍晚食欲恢復。 每天應給服藥的孩子提供豐富足量的食物， 特別是在食欲好時（如晚餐）補充生長發育所需的營養。 也可用一些增進食欲的酶類或中藥製劑和早餐一起服用或飯後服藥， 以減輕食欲下降的副作用， 但療效也可能稍有下降。
心率和血壓增加
在服藥的過程中， 孩子的心率和血壓可能會有輕度增加， 然而這些改變是輕微的， 對大多數孩子不會造成任何危險。 如果孩子已患有高血壓， 或有高血壓的家族史， 應告訴醫生， 以便在調整藥物劑量時適當監測。
失眠
有些兒童服藥後晚上入睡時間比平常晚， 特別是服藥時間晚或下午服藥的孩子。 如果出現嚴重的入睡困難， 應告訴醫生調整藥物劑量或服藥時間， 或合用一些改善睡眠的藥物。
神經性抽動
表現為不自主的眨眼、皺眉、聳鼻子等， 或短促的出聲。 多出現在以前曾有抽動或有抽動家族史的患兒服用呱甲酯製劑時。
困倦
服用托莫西汀的孩子在剛開始服藥或增加劑量時可能會感覺困倦，
