卵巢囊腫可影響排卵， 對生育有一定影響。 若是囊腫較小， 不影響卵巢排卵， 仍可懷孕， 若影響排卵， 生育自然也會受到影響。
卵巢囊腫屬廣義上的卵巢腫瘤的一種， 各種年齡均可患病， 但以20-50 歲最多見。 卵巢是卵子發育、成熟、排出的場所， 而各個不同階段的卵泡在卵巢皮質， 若卵巢遭受到破壞， 使卵子發育、成熟及排出受損， 就會導致不孕。
卵巢囊腫屬於卵巢腫瘤的一種， 其引起不孕的機制與干擾排卵功能有關。 若囊腫較小， 不影響卵巢排卵， 就不會影響懷孕。 若囊腫佔據了整個卵巢， 且分泌一些激素，
巧克力囊腫對生育有一定程度的影響， 不過臨床上碰到少數巧克力囊腫病人， 也懷孕了。 根據病情， 如果能夠實施手術剔除卵巢囊腫， 保留正常的卵巢， 那麼生育的機會還是很大的。 做了手術以後， 要注意另外一個問題， 有可能產生盆腔粘連， 可能會影響到輸卵管， 影響排卵影響懷孕。
另外， 某些含有內分泌功能的卵巢囊腫， 如卵巢甲狀腺瘤、卵巢顆粒—卵泡膜細胞瘤、睾丸母細胞瘤等， 可因其所含腫瘤組織成分不同而產生某些相應激素， 從而干擾了卵巢激素的正常分泌和排卵， 出現閉經， 子宮出血， 多毛和不孕等症狀。
