原因不明性不孕症的常見原因有：
盆腔子宮內膜異位症：子宮內膜異位症是不孕的主要原因之一， 併發不孕率高達30%-40%， 中、重度的子宮內膜異位症易被發現診斷， 但許多輕度子宮內膜異位症， 可無臨床症狀， 但恰可成不孕。
免疫因素：免疫因素以往並沒有作為不孕症常規檢查項目， 目前正漸漸被重視。 抗精子抗體、抗卵透明帶抗體、抗子宮內抗體等對精子、卵子結合， 受精和胚胎著床均有一定影響， 而致免疫性不孕， 它占不孕症總數的10%-20%。
宮頸黏液因素：宮頸黏液的物理、化學性質的改變均可直接影響到精子的生存活力及穿透能力。
子宮內膜因素：子宮內膜對雌激素反應差， 排卵期子宮內膜薄.不利於受精卵種植。
排卵假像：在不孕婦女中有20%-30%在月經週期中基礎體溫可出現雙相， 子宮內膜在月經後期有分泌反應， 但實際上卵泡未破裂， 卵子未排出， 由於卵泡顆粒細胞黃素化， 而使體內有一定孕激素水準造成排卵假像。
卵巢黃體功能不全：雖有排卵， 但黃體功能不全， 孕激素分泌不足， 而使子宮內膜分泌不良， 不利於受精卵著床。
年齡因素：35歲以上的女性， 特別是40歲以上者， 卵巢功能和卵子的內在品質下降， 雖然各項檢查均屬正常， 但自然生育力已下降。
