每一家醫院治療疾病的方式都不同， 但是不可否認的是， 隨著微創技術的發展， 手術治療方式是目前臨床上應用最為廣泛的治療技術， 肛瘺也是如此， 但是， 如果是病情不是很嚴重的情況下， 建議選擇藥物治療的方式， 同時以飲食配合， 下面， 就肛瘺的治療常見方法總結如下：
包括內洽法和外治法
（一）內治法
1.清熱利濕：凡出現瘺管外口流粘稠膿， 色白或黃， 外口閉合， 局部腫脹疼痛， 小便不利，
舌紅、苔黃膩， 脈滑數等症狀， 為濕熱蘊結。 治宜清熱利濕。 選方常用土醫之家消痔栓。
2.清熱解毒：凡出現肛瘺外口閉合，
3.養陰托毒：凡出現瘺管外口凹陷， 周圍顏色晦暗， 膿水清稀， 舌紅少津， 少苔或無苔， 脈細數無力等症狀， 屬陰虛型肛瘺。 治宜養陰托毒。 選方常用青蒿鱉甲東加減。
4.補益氣血：凡出現肛瘺經久不愈， 肉芽不鮮， 膿水不多， 形體消瘦， 面色無華， 氣短懶言， 舌淡、苔白， 脈細弱無力等症狀， 屬氣血虧虛型。 治宜補益氣血。 選方常用十大補東加減。
（二）外治法
1.外洗法：局部紅腫疼痛時， 可用苦參東加減， 煎水趁熱熏洗。
2.外敷法：肛瘺急性期可用土醫之家痔瘡膏等外敷。
上述中的介紹主要就是針對病情不是很嚴重的情況下的治療方法，
