在服藥時， 為了注意安全， 保證療效， 必須重視禁忌問題。 用藥禁忌除了上述所提及的“三十六反”中的藥物外， 還有妊娠用藥禁忌和服藥時的飲食禁忌。
(一)妊娠用藥禁忌
有些藥物對於妊娠婦女有墮胎的副作用， 故妊娠當禁忌。 按照藥物副作用的大小不同， 可分為禁用與慎用兩類。 禁用的藥物大都毒性較強或藥性猛烈， 如過路先鋒、三葉木通、小羅傘；慎用的藥物包括有祛瘀通經、行氣破滯及辛熱滑利之品， 如過江龍、土牛七、掌血。 禁用的藥物， 絕對不可使用；慎用的藥物， 可以根據病情， 斟酌便用。
(二)服藥時飲食禁忌
指在服藥期間對某些食物的禁忌， 也就是通常所說的忌口。 一般來說， 在服藥期間忌食生冷、油膩、辛辣、不易消化及有特殊剌激性的食物。 如寒性病不寬食生冷食物， 熱性病忌食辛辣及油膩食物， 瘡瘍及皮膚病忌食魚、蝦、鱉等腥臭食品及刺激性食物。 瑤族祖先對服藥時的食物禁忌十分重視， 如“綠豆不能配狗肉， 火燒魚不能配韭菜”。 雖然有些說法是因偶然發生反應而被列人禁忌的， 俱仍應引起注意， 並應進一步研究， 從而得出正確的結論。
