慢性腸炎本身並不遺傳， 只是相對來說， 親屬中有患有慢性腸炎的人， 得病的幾率相對來說較大。
1、遺傳：本病的血緣家庭發病率較高， 據歐美文獻統計， 潰瘍性結慢性腸炎病人的直系血緣親屬中， 約15-30%的人發病。
2、免疫力低下：多數學者認為本病屬於自身免疫性疾病。 因為本病併發自身免疫病者較多， 所以提高免疫力也是防治慢性腸炎重中之重。
3、濫用抗生素：很多人遇到疾病會濫用氨苄、頭孢等抗生素， 這些抗生素會直接刺激腸道， 還可以引起腸道菌群失調， 使腸道內正常的大腸桿菌減少有害菌大量繁殖引起慢性腸炎。
4、飲食不注意：包括飲食因素如飲食不當引起的腹瀉， 食物過期如牛奶過期、及不清潔的環境、氣候的突變、生活規律的突然改變均可以引起腹瀉。
慢性腸炎遺傳不是必然的。 IBD發病的另一個重要現象是IBD患者一級親屬發病率顯著高於普通人群， 而患者的配偶發病率不增加。 瑞典一項大規模的研究發現， CD 發病率單卵雙胞顯著高於雙卵雙胞。 已有大量關於IBD相關基因的報導。 早期研究主要集中在HLA等位基因以及細胞因數基因多態性上， 但報導的結果不一， 主 要可能與不同種族、人群遺傳背景有關。 近年對基因組進行定位克隆， 在IBD家族的大樣本研究發現， IBD的易感點位於第3、7、12、16號染色體上， 有 關研究尚在深入進行中。
