表1歸納了Crohn病的鑒別診斷。
1.小腸及回盲部疾病
急性闌尾炎：一般腹瀉少見， 右下腹痛比較嚴重， 壓痛及肌緊張更明顯。 發病急， 病程短， 有發熱， 血白細胞增加。 但有些病例仍難準確地鑒別。 當可疑急性闌尾炎， 病情重且持續時， 應剖腹探查， 以免闌尾壞死或穿孔造成更嚴重後果。 腹部CT掃描有助於兩者的鑒別。
腸結核：與本病不易鑒別， X線表現也很相似。 在其他部位如肺部或生殖系統有結核病灶者， 多為腸結核。 結腸鏡檢查及活檢有助鑒別， 如仍不能鑒別， 可試用抗結核治療。 如療效不顯著， 常需開腹探查，
小腸淋巴瘤：腹瀉、腹痛、發熱， 體重下降， 疲勞感更為明顯， 更易發生腸梗阻。 症狀多為持續性， 惡化較快。 腹部腫塊與Crohn病比邊界較清楚， 較硬， 一般無壓痛。 可有淺表淋巴結和肺門淋巴結腫大以及肝、脾明顯腫大。 X線及小腸鏡檢查可發現腸腔內腫物及潰瘍。 小腸活檢有助於診斷。
十二指腸壺腹後潰瘍：十二指腸Crohn病常與消化性潰瘍的症狀和X線表現相似。 但Crohn病的疼痛不如十二指腸潰瘍有規律。 纖維內鏡檢查及活檢有助於診斷。 制酸劑治療對消化性潰瘍有效， 而對Crohn病則無效。
非肉芽腫性潰瘍性空腸回腸炎：腹痛和腹瀉是此病的突出表現。
2.結腸疾病
潰瘍性結腸炎見表2。
缺血性結腸炎：為血管供血障礙所致。 多見於老年。 起病較急驟， 多先有腹痛， 繼之腹瀉便血。 病程為急性過程。 結腸鏡及鋇灌腸造影有助於診斷。
結、直腸結核：較回盲部少見。 其特點見回腸、小腸結核。
阿米巴腸炎：尋找阿米巴原蟲有助於診斷， 但慢性阿米巴腸炎難以找到阿米巴原蟲。 據報導， 血凝試驗是診斷阿米巴腸炎的有用方法。
結腸淋巴瘤：參見小腸淋巴瘤。 通過結腸鏡及其活檢一般可明確診斷。
放射性結腸炎：與放射部位相一致， 病變程度與放射量有關。
