（一）保守性手術：主要用於年輕、有生育要求者。 保留子宮及附件（儘量保留雙側）， 只是切除病灶， 分離粘連， 重建卵巢， 修復組織。 近年來應用顯微外科手術， 切除異位病灶， 仔細縫合創面， 重建盆腔腹膜， 仔細止血， 徹底沖洗， 使手術效果臻于完善， 提高手術後妊娠成功率， 降低復發率。
1、腹腔鏡手術：通過腹腔鏡檢查， 可明確診斷， 可用特種設計的刀、剪、鉗等進行病灶切除， 分離粘連。 在腹腔鏡下可用CO2雷射器或氦-氖雷射器燒灼病灶， 即在恥骨聯合上2cm處做第二切口， 鐳射刀通過這切口的套管進入盆腔， 在腹腔鏡直視下燒灼病灶。
2、B超下行卵巢內膜樣囊腫穿刺術：對手術剝離術後或腹腔鏡下穿刺後復發病例， 可考慮超聲下穿刺術及藥物治療。
3、剖腹保守性手術：用於較嚴重病灶粘連患者， 尤其是無腹腔鏡設備醫療機構或腹腔鏡掌握不熟練者， 皆可實行剖腹手術分離粘連， 挖除卵巢子宮內膜樣囊腫， 盡可能保留正常的卵巢組織， 如病灶僅限於一側且較重， 另一側正常， 有人主張將病側附件切除。 這樣做妊娠率較保留病側卵巢後的妊娠率高。 還可做簡單子宮懸吊術。 是否做骶前神經切除值得商榷。 保守手術的重要目的之一，
（二）半根治手術：無生育要求， 病灶嚴重， 而年齡較輕者（
（三）根治性手術：年齡接近絕經期， 尤其病情重， 有過復發者， 應實行全子宮及雙側附件切除。 手術時盡可能避免卵巢內膜囊腫破裂。 囊液流出時應儘快吸盡， 沖洗。 術後出現更年期綜合征者， 可用鎮靜劑及尼爾雌醇。 腹壁、會陰切口處發生子宮內膜異位症者， 應徹底切除， 否則會復發。 子宮內膜異位症患者常合併排卵功能障礙， 故不論採用激素治療或保守性手術治療， 皆可用HMG或/及克羅米芬促卵泡成熟排卵。
