女性子宮內膜異位元症的治療應根據患者年齡、症狀、病變部位以及對生育要求等不同情況加以全面考慮。 原則上症狀輕微者採用非手術療法。 有生育要求的輕度患者先行激素治療, 病變較重者行保守治療。 年輕無生育要求的重度患者可採用保留卵巢功能手術輔以激素治療。 症狀和病變均嚴重的無生育要求患者可考慮根治性手術。
子宮內膜異位症用藥治療中的性激素類藥物如常有不同程度的副反應, 如食欲減退、噁心、肝功能不正常等, 停藥後可以消失。 也有些病人長期使用後, 療效不夠穩定,
自腹腔鏡廣泛應用於臨床以來, 對診斷和治療女性子宮內膜異位症起到了積極作用。 腹腔鏡不僅可以發現早期疾病, 還可在腔鏡下治療, 即診斷和治療同時進行。