放療用於子宮內膜異位症已有多年歷史, 但如今已極少採用。 原因是, 應用多種藥物及手術達到很高療效, 一般不破壞卵巢功能, 而放射治療子宮內膜異位症的作用, 在於破壞卵巢組織, 從而消除卵巢激素的影響, 使異位的內膜萎縮, 達到治療的目的。 放射線對異位的內膜破壞作用並不明顯, 但對既不能耐受激素治療又因病灶位於腸道、泌尿道及廣泛盆腔粘連, 尤其是合併心、肺或腎等嚴重疾病, 本人又十分懼怕手術的個別患者, 也可採用體外放療,
此外, 抗黏附、抗侵襲、抗血管形成, 以及芳香化酶抑制劑、環氧合酶抑制劑等有望成為採用經典治療無效的候選治療方法。
子宮內膜異位症患者常合併排卵功能障礙, 故不論採用激素治療或保守性手術治療, 皆可用HMG或/及克羅米芬促卵泡成熟排卵。
對於不育而實行保守手術治療者, 術後是否應用激素治療3~6個月以鞏固療效存在爭議。 有人認為, 術後1年是妊娠最易發生的時間, 補充藥物、假孕治療, 反而減少受孕機會。