通過雄激素進行治療。 雄激素對女性的子宮內膜異位症的痛經現象有顯著的效果。 普遍使用的藥物有以下幾種：甲基睾丸素5mg， 患者每天可以口服每日2次；丙酸睾丸酮25mg， 這種藥物需要進行肌肉注射， 每個星期可以注射2次， 用藥2～3個月後可以停藥觀察一段時間， 而且每個月使用的藥量不能高於300mg。
通過假孕方法進行治療。 也就是讓患者服用一些避孕藥， 形成好像妊娠的人工閉經。 普遍使用的藥物主要有：乙酸孕酮、安宮黃體酮、甲地孕酮以及18甲基炔諾酮等， 以上幾種藥物都可以有效治療子宮內膜異位症。
通過保守的手術方法進行治療。 半死手術主要有開腹手術以及腹腔鏡下手術。 如果患者同時出現了子宮肌瘤的話， 要一起進行切除。 而痛經比較嚴重的患者， 建議可以把骶前神經進行切除。 在術過程中要儘量保留患者正常的卵巢組織。 這種手術方法比較適合年齡小， 長時間不孕的患者。
通過半保守手術進行治療。 這種手術主要是將患者的子宮和子宮內膜異位病灶進行切除， 而卵巢功能將會保留。 這種手術比較適合45歲以下， 已經沒有生育需求的患者， 以及一些病灶範圍比較廣， 無法保留生育能力的患者。
