由於小兒肛瘺管道較為短淺, 排膿後症狀可很快減輕, 並多數可自愈, 部分患兒隨年齡增長而自愈, 因此, 一般主張不行手術治療。 對此, 應對症處理, 每日清潔肛門並坐浴, 適當使用抗生素及外用藥膏, 消炎消腫, 控制和減少膿腫的發生, 加速自愈。
對反復發作不能自愈的患兒, 要擇期至能承受手術時, 再進行手術治療, 手術年齡以5~10歲為宜, 對於低齡幼兒患該病的原因, 以及自愈的原因, 尚不明了。
據國內外統計, 嬰幼兒肛瘺在出生後6個月以內發病者占小兒肛瘺的2/3;在生後3個月內發病率最高, 其中生後1個月內發病者為最多見。