現在一般腎結石行手術取石僅是少數， 其手術指征也是相對性的， 可歸納為：
①結石大於1cm， 並存在腎盂輸尿管交界處狹窄者（多為先天性畸形）;
②腎盂原性囊腫內結石， 症狀明顯;
③孤立腎較大結石;
④結石誘發癌變;
⑤結石引起急性梗阻性少尿或無尿;
⑥併發感染膿腎毀損嚴重者;
⑦震波失敗者。 手術的方式方法較多， 主要有以下幾種：
1.腎盂或腎竇切開取石術：多用於腎盂或腎盞內單個結石。 優點是手術較簡單， 出血與併發症少。 若是多發性小結石， 可用凝塊法取石， 但仍有取不完結石的可能。 對有腎盂輸尿管連接處狹窄伴發腎結石者，
2.腎實質切開取石：適用腎內型腎盂較大的腎盂腎盞結石。 腎實質的切口在腎的背面外側緣內1.5cm的少血管Brodel白線上或該線內0.5cm， 作放射狀或呈弧形切開腎實質。 為保護腎功能， 常需在阻斷腎蒂血管後進行局部降溫。 鹿角形結石或較大多個分散結石可行腎實質劈開取石， 亦可做離體腎工作臺取石術與髂窩腎移植術。 此法雖有取完結石的優點， 但手術複雜， 創傷大， 故應用不多。
3.腎部分切除術：多用於結石集中在腎上極或下極， 或存在盞頸狹小， 宜切除腎的一極， 否則結石不易取完， 術後易復發。
4.腎切除術：現在很少應用， 僅在腎大量結石伴有嚴重感染、積膿或患腎功能喪失，
5.特殊類型的腎結石處理：
①一側腎結石對側輸尿管結石， 應先處理有梗阻的輸尿管結石;
②雙側腎結石應先處理梗阻較重的一側;
③若雙腎結石伴有腎功能不全， 宜先行腎功能較好的一側取石;
④如病情嚴重結石難以去除， 可先行經膀胱鏡輸尿管插管腎盂引流或腎造瘺術， 必要時手術前後行透析治療。
經皮腎取石術現已在國內外較廣應用， 除可單獨取石外， 亦可配合震波碎石術， 縮短療程， 獲得良好效果， 但常可發生併發症， 應加強防治工作。
