(1)膿腔引流不暢, 或外口縮小, 時閉時潰, 膿液蓄積腔內, 導致膿腫再發並穿破而形成新的支管或瘺道
(2)管道多在不同高度穿過肛門括約肌, 括約肌收縮阻礙膿液排出, 以致引流不暢
(3)腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續進入瘺管, 刺激管壁, 使管壁結締組織增生變厚, 管腔難以閉合
(4)內口的存在:膿腫雖然破潰或已切開引流, 但原發感染源如肛竇炎、或肛腺感染依然存在, 腸腔內容物還可從內口繼續進入瘺管
(5)肛門部不能靜養, 膿腔不易粘合:排糞、排尿時, 因括約肌收縮或因炎症刺激肛門括約肌, 使肛門括約肌經常處於痙攣狀態。