HIV感染的母親其嬰兒由於母體抗體的存在， 用抗體檢測法通常為陽性， 但實際上只有20%-60%的嬰兒受到HIV感染， 因此， 對這些嬰兒進行HIV感染的早期診斷是十分重要的。 現已證明30%-50%的這些新生兒可在母親的子宮裡、在分娩和引產或通過產後哺乳時從其母體感染HIV。
新生兒血清陽性者並不能說明是HIV感染， 因為母體HIV抗體可持續大約15個月之久。 在一般情況下， 嬰兒並不表現出HIV感染的任何症狀。 病毒細胞培養法對嬰兒並不是一種可靠實用的方法， HIV特異IgM抗體的檢測在母體抗體存在下是不可能的， 在過量血清抗體存在下檢出血清中的HIV抗原也是十分困難的。
另外， 嬰幼兒被HIV感染後病情發展較快， 早期診斷對及時採取治療措施， 延緩病情發展極為重要。 目前所使用的抗病毒藥毒性大， 因而不能用於HIV抗體陽性而未感染的嬰幼兒， 但當用PCR檢測出HIV的RNA序列後， 即可進行抗病毒治療以及加強免疫機能和營養的治療， 在一項研究中， 14名血清陽性母親的新生兒用PCR檢測， 其中6個為陽性；在出生後12-15個月內血清陰性的10個兒童中有5個為PCR陽性。 從血清陽性母親出生1個月的新生兒中， 收集的外周血單核細胞經PCR檢測， 7個為陽性的嬰兒， 其中5個在檢測後10個月得愛滋病；而PCR陰性的9個嬰兒， 在16個月的追蹤檢查期間身體狀況良好。 這些研究表明， PCR技術對被HIV感染母親的新生兒和血清陰性兒童進行早期的直接的HIV-1檢測是十分重要的。
