直腸肛管外傷繼發感染也可形成肛瘺， 直腸肛管惡性腫瘤也可潰破成瘺管， 但都很少見， 與一般化膿性肛瘺有明顯區別。
在青春期， 人體自身的性激素開始活躍， 隨即一部分皮脂腺， 特別是肛腺開始發育增殖， 男性較女性增生明顯。 由於肛腺分泌旺盛， 若加上肛腺排泄不暢或肛腺管阻滯， 則易感染引起肛腺炎， 這可解釋男性青壯年為何肛瘺發病率較高。 而女性肛腺導管較直， 不如男性彎曲， 分泌物不易淤積， 所以女性肛瘺發病率較低。 人到老年， 與其他皮脂腺普遍萎縮的同時， 肛腺也隨之萎縮，
肛瘺有原發性內口、瘺管、支管和繼發性外口。 內口即感染源的入口， 多在肛竇內及其附近， 後正中線的兩側多見， 但也可在直腸下部或肛管的任何部位。 瘺管有直有彎， 少數有分支。 外口即膿腫潰破處或切開引流的部位， 多位於肛管周圍皮膚， 由於病原菌不斷經內口進入管道， 加之管道迂曲行走於內、外括約肌附近， 管壁由纖維組織構成， 管內有肉芽組織， 故經久不愈。
一般單純性肛瘺只有1個內口和1個外口， 這類肛瘺臨床上最多見。 若外口暫時封閉， 局部引流不暢， 則又逐漸發生感染， 再次形成膿腫， 封閉的外口可再穿破或在其他處形成另一外口。 如此反復發作， 使病變範圍擴大或有時造成幾個外口，
