腎結石的形成原因複雜， 目前腎結石的形成機理尚未完全明確， 還處於研究中。 就現有研究結果來看， 腎結石的形成與以下三點關係密切。
體內可形成結石的物質增多
各種因素導致體內可形成的結石物質增多， 長期高鈣飲食及身體疾病使得尿液中的鈣、磷等的濃度增高， 而這些物質往往以化合物的形式存在， 如草酸鈣。 當尿液中草酸鈣的含量增多， 達到飽和狀態時就會形成草酸鈣結晶， 小的草酸鈣結晶可排出體外， 但如果結晶沒能及時排出， 加之尿液中草酸鈣長期處於飽和狀態， 就會使結晶變大，
體內抑制結石形成的物質減少或促進結石形成的物質增多
體內的一些物質可以促進結石形成或抑制結石形成， 正常情況下它們處於平衡狀態， 當任何一種出現問題時， 平衡都會被打破， 而引發結石。 相關研究表明鎂、枸櫞酸、骨橋蛋白可以抑制草酸鈣結石的形成;TH蛋白、腎鈣素、葡氨聚糖與草酸鈣結晶的增大有一定關係。
腎小管上細胞抑石能力有限及其上皮細胞受損
腎小管具有重吸收與排泌作用， 腎小管能吸收原尿中的大部分水、營養物質及礦物質。 如果原尿中的礦物質， 如鈣、磷等濃度過高， 腎小管無法將其吸收;其次， 原料中的鈣、磷等濃度過高時， 可能會形成小的結晶， 如上所說的草酸鈣結晶，
