高錳酸鉀由於具有強氧化性， 可促使細菌或其它有機物立即放出新生態氧， 通過氧化細菌體內的活性基因而發揮殺滅細菌作用， 對殺滅原蟲類、單殖吸蟲類和錨頭蚤等寄生蟲有顯著效果， 是毒性小、副作用小、用量小的傳統消毒劑。 高錳酸鉀在使用時應注意：現配現用擇時使用配。
制高錳酸鉀水溶液最好用涼開水， 因為其化學性質不穩定， 水溫偏高會使其迅速分解失效。 配製好的水溶液通常只能保存2小時左右， 當溶液變成褐紫色時就會失去消毒作用， 故最好是現配現用， 並且使用時要背光，
藥量適宜安全使用
使用濃度不僅與魚體種類、規格大小、體質狀況、病情輕重、藥浴密度等因素有關， 而且與水體環境條件密切相關， 如高錳酸鉀在水體中有機物的含量高時要適當增加其用量。
在海水條件下高錳酸鉀的氧化還原能力更強， 故在海水中用藥可適當降低濃度。 藥量不能超出安全濃度範圍， 並且不能長期使用， 以防引起水產動物鰓組織受損， 造成急性中毒。
通常情況下浸浴濃度為10毫克/升～20毫克/升， 時間為15分鐘～30分鐘；全池潑灑濃度為4毫克/升～7毫克/升。
合理混藥高效使用
為了增強殺菌效果可以將高錳酸鉀與其它藥物混合使用， 如與甲醛配合進行薰蒸消毒，
但配合要注意物理性或化學性的配伍禁忌， 高錳酸鉀與有機物如甘油、酒精、鞣酸等會還原， 脫色失效， 與氨及其製劑呈絮狀沉澱失效， 與甘油、藥用炭、鞣酸研磨時可爆炸。
