由於牛奶蛋白過敏的嬰兒在臨床上的表現輕重不一， 形式多樣， 有些還不是非常典型， 因此往往容易造成誤診。 牛奶蛋白過敏除了可出現過敏性患兒常有的表現， 如臉面部、四肢、軀幹、臀部等部位的濕疹、蕁麻疹， 反復出現鼻癢、噴嚏、流涕等類似感冒的症狀之外， 它還可表現出消化道的症狀， 這是因為幼兒由於消化道屏障功能尚未成熟， 對外來抗原的處理能力有限， 再加上小嬰兒腸道的正常菌群也還未建立， 當外來的抗原破壞了自身的穩定時， 就有可能會刺激胃腸粘膜而形成免疫炎症反應，
這種過敏反應多在進食後數天或數月後開始出現。 如果給這些孩子做胃鏡檢查， 可發現胃粘膜的一些糜爛等改變或十二指腸粘膜的增生。 但在臨床中這種以嘔吐為主要症狀的牛奶蛋白過敏患者卻常被誤以為是胃炎、胃食道返流或消化道出血等其他疾病， 結果在給予這方面的對症治療後病情雖然會稍微有所緩解， 但繼續進食這種配方奶粉時， 這種情況還是會反復出現。
由於新生兒正處於生長發育的第一個高峰期， 牛奶蛋白原本正是保證他們生長發育所必需的重要來源， 但卻因為機體對攝入的蛋白產生了抗原抗體反應而使得這些食物攝入後出現反復嘔吐或腹瀉等，
因此， 對這種牛奶蛋白過敏的小嬰兒來說， 及早診斷、及早干預是非常重要的。 一般來說。 如果遇到人工餵養或混合餵養的小嬰兒出現有反復的嘔吐、腹瀉、便秘等消化道症狀， 並伴有生長發育遲緩， 反復濕疹等表現時， 應警惕是牛奶蛋白過敏， 及早給予飲食干預。
當寶寶真的出現牛奶過敏的話， 家長該怎麼辦：
限制飲食， 儘量避免牛奶蛋白製品， 或者添加了牛奶配方的食物。
選用深度水解蛋白配方奶粉或游離氨基酸配方奶粉代替普通奶粉， 這是國際兒科專家推薦的嬰兒食物過敏最佳飲食治療方法。
有時可試用一些非牛奶蛋白所製成的奶粉， 例如豆奶粉、減敏奶粉、元素奶粉等， 這些又稱為腹瀉奶粉， 可供牛奶過敏或長期腹瀉的寶寶試用。 其主要的區別就是他們以植物性的蛋白質、或是經過分解處理後的蛋白質， 來取代牛奶中的蛋白質；以葡萄醣替代乳糖；以短鏈及中鏈的脂肪酸替代一般奶粉中的長鏈脂肪酸。
出現過敏表現的患兒應予以適當兒童用抗組胺藥治療。 嚴重者或經上述處理仍無效者應該及時到醫院就診。
