乙肝抗病毒治療是一項艱苦、長期的攻堅戰， 對於病情已經發展為肝硬化的乙肝患者來說， 抗病毒治療是終身性的；對於一般的慢性乙肝患者， 至少要花費2年以上時間。
對於乙肝病毒e抗原陽性的乙肝患者（俗稱為“大三陽”）， 一旦符合以下條件， 就要抗病毒治療：
1）乙肝病毒DNA定量檢測大於105／毫升。
2）穀丙轉氨酶水準升高， 如果肝功正常， 需做肝穿檢查， 如果肝穿病理檢查結果顯示炎症活動程度大於2級水準， 也需要進行抗病毒治療。 治療終點的重點是：採用PCR方法檢測乙肝病毒DNA陰轉， 乙肝病毒e抗原／e抗體發生血清學轉換（乙肝“大三陽”轉為乙肝“小三陽”），
對於乙肝病毒e抗原陰性的乙肝患者（俗稱乙肝“小三陽”， 這些患者雖然乙肝病毒e抗原為陰性， 但是乙肝病毒DNA檢測始終為陽性。 這類乙肝患者病情更加複雜， 治療更有難度）， 這類患者只要符合以下條件就要抗病毒治療：
（1）乙肝病毒DNA定量檢測大於104／毫升。
（2）穀丙轉氨酶水準升高， 如果肝功正常， 需做肝穿檢查， 如果肝穿病理檢查結果顯示炎症活動程度大於2級水準， 也需要進行抗病毒治療。 這部分患者抗病毒治療需要無限期長期進行。
對於處於代償期的早期肝硬化患者， 如果乙肝病毒DNA定量檢測大於103／毫升， 無論肝功正常與否， 都要進行抗病毒治療， 選用的藥物為恩替卡韋或者阿德福韋， 需要長期不間斷服用。
對於處於失代償期的晚期肝硬化患者， 只要乙肝病毒DNA定量檢測為陽性， 無論定量數值高低， 都要進行抗病毒治療。 此時可以選擇拉米夫定或是恩替卡韋， 或是聯合阿德福韋治療， 需要長期不間斷服用。 如果需要進行肝移植的患者， 需要在手術前提前使用， 手術後堅持服用。
肝硬化患者的抗病毒治療是終身性的， 一旦使用核苷類抗病毒藥物， 就要堅持到底， 不能半途而廢。
