嬰兒濕疹的病因較複雜, 其發病與多種內外因素有關, 有時很難明確具體的病因。 嬰兒濕疹的高度發病率主要是由於患兒皮膚角質層薄, 毛細血管網豐富, 以及內皮含水及氯化物較多, 因而容易發生變態反應。
有些嬰兒有遺傳過敏素質(異位性素質), 家族中也有異位性皮炎、魚鱗病、哮喘或過敏性鼻炎等病史, 患兒對食物過敏, 血中IgE數值增高, 嗜酸細胞增高。 隨著年齡增長, 皮膚損害逐漸限局于四肢屈側處(肘窩、膕窩), 往往劇烈抓癢、反復不愈, 直至兒童期甚至延續到成人期。 某些外在因素如日光、紫外線、寒冷、濕熱等物理因素,
此外, 營養過多、消化不良、衣著不當, 外部刺激等都是本病的好發因素。 機械性摩擦如唾液和溢奶經常刺激, 也是本病的誘因。 護理不當如過多使用較強的鹼性肥皂, 過高營養, 以及腸內異常發酵等也可引起本病。 有些嬰兒, 尤其在新生兒時期, 由於母體雌激素通過胎盤傳給胎兒, 以致新生兒皮脂增多, 易致脂溢性濕疹。