遺傳和家族因素。 遺傳因素和家族因素是主要卵巢囊腫的病因之一， 約30%-50%卵巢囊腫患者的直系親屬中有腫瘤患者。
長期的飲食結構， 生活習慣不好、心理壓力過大等因素造成體質過度酸化， 人體整體的機能下降， 引起腎虛， 肝腎同源， 腎虛肝亦虛， 進而引起下焦代謝迴圈變慢， 造成卵巢疾病和內分泌失調， 免疫功能下降， 成為卵巢囊腫的病因， 從而發展為卵巢組織異常增生， 終致卵巢囊腫， 甚至癌變。
環境因素。 工業發達國家及上層社會婦女卵巢癌發病率高， 可能與飲食中高膽固醇有關。 另外， 電離輻射及石棉、滑石粉會影響卵母細胞而增加誘發卵巢囊腫的機會，
卵巢囊腫還多發生在未產婦或未生育婦， 妊娠對卵巢囊腫似有對抗作用， 認為每日排卵所致卵巢表層上皮細胞反復破損與卵巢囊腫發生有關。
另外， 卵巢囊腫的病因還有乳腺癌、子宮內膜癌多併發卵巢囊腫， 此三種疾病都對此激素有依賴性， 也是造成女士卵巢囊腫的原因。
