在病理上根據病灶增生的程度， 乳腺囊性增生症常被分為輕、中、重度。
1、輕度增生
基本不會轉化成乳腺癌， 輕度增生包括腺病、纖維變性、上皮細胞輕度增生無異形性， 囊腫形成等， 占所有乳腺囊性增生症的70%。
2、中度增生
發生乳腺癌的危險是正常女性的1.5~2倍， 此時突出表現為導管或小葉上皮的中度增生無異形性和硬化腺病， 占所有乳腺囊性增生症的26%。
3、重度增生
即導管或小葉上皮非典型增生， 當上皮細胞出現非典型性增生時， 會促使乳腺囊性增生的病灶發展成乳腺癌癌前病灶， 且非典型增生的異型性越大，
乳腺非典型增生分為導管上皮和小葉上皮非典型增生兩種， 導管上皮非典型性增生又分為輕、中、重三級。 小葉上皮非典型增生則表現為病變小葉增大， 末梢導管或腺泡增多、變粗， 上皮細胞增生明顯等。
有報導認為， 當導管或小葉上皮的非典型性增生的異型性達到一定的程度， 且這種與正常和（或）輕、中度增生的細胞混雜的非典型性增生的細胞數超過了一半時， 就要考慮診斷為導管或小葉原位癌。
