臨床在診斷小兒腦癱時, 還要排除小頭畸形的可能。 小頭畸形是指小兒的頭圍明顯小於同齡兒的正常值, 並引起智力低下、運動發育落後等嚴重表現。 小頭畸形的原因比較複雜, 有可能是宮內感染, 遺傳性疾病引起的先天發育不良, 也有可能是各種原因引起的顱腦損傷後大腦皮層萎縮等。
小頭畸形可分為真性小頭畸形和相對小頭畸形。 真性小頭畸形是由於一種常染色體畸變而引起的腦回過小或無腦回, 腦發育明顯延緩, 常在胎兒第3~5月即停止進展, 患兒頭頂部小而尖, 扁額頭, 最大不超過43釐米,
相對小頭畸形也稱假性小頭畸形, 是由於炎症、腦血管損傷而引起的腦損傷和腦萎縮, 頭圍減少的程度比真性小頭畸形輕些。 預後依腦損傷程度和腦發育情況不同而異。 由於小頭畸形具有比較典型的臨床表現, 故容易區別于小兒腦癱。