臨床上， 很多疾病與小兒腦癱症狀有相似之處。 例如：進行性肌營養不良、小兒麻痹症、先天性肌弛緩、進行性脊肌萎縮症、運動發育遲緩、佝僂病、狹顱症、腦積水、腦畸形、腦瘤、先天性髖關節脫位等， 但是它們在本質上是不同的。 它們的鑒別要點如下：
（1）進行性肌營養不良症。 指肌肉處於一種逐年逐月變得無力的狀況。 這種患兒占癱瘓兒童的2.86%左右， 大多由遺傳因素造成， 常常在3～5 歲時出現早期症狀， 動作顯得笨拙、遲緩， 或由於腳無法放平而開始踮著腳走路， 易摔跤。 隨後幾年內， 病情逐漸惡化， 出現肌肉無力，
（2）小兒麻痹症。 主要是由於病毒感染所致， 發病年齡主要是在8～24個月的嬰兒， 發生癱瘓的肢體多見於下肢， 其膝腱反射或其他腱反射皆減弱或消失。 此種癱瘓表現為弛緩型。 另外此症一般不影響患兒的智力、思維、感覺系統， 亦不會加重。
（3）進行性脊肌萎縮症。 嬰兒型脊肌萎縮症， 于嬰兒期起病， 肌無力呈進行性加重， 肌肉萎縮明顯， 腱反射減退或消失， 常因呼吸肌功能不全而反復呼吸道感染。 肌肉活檢可助確診。
（4）腦發育畸形。 腦容易發生種種畸形， 也可和顏面、臟器等畸形同時發生。
