兒童癲癇屬於可治性疾病， 其預後也與許多因素有關， 如發作類型、病因、起病年齡、發作頻率、腦電圖改變以及對抗癲癇藥物的反應等。 不同癲癇發作類型， 預後差別較大。
（1）發作類型：兒童期、少年期及青年期的原發性全面性強直汁陣攣發作的預後較好， 大部分較易控制， 部分性發作的預後以精神運動性發作較差， 嬰兒痙攣預後最差。
（2）病因：原發性癲癇預後比繼發性癲癇好。
（3）起病年齡：兒童癲癇比成人差；起病越早預後越差， 1歲以前起病的， 發作往往難以控制， 預後差；新生兒及嬰兒期發生的癲癇， 多半具有腦結構的病變，
（4）發作頻率：持續時間超過半小時的預後較差， 癲癇持續狀態的死亡率高達20%。 發作頻率越高， 預後越差。
（5）腦電圖改變：正常或接近正常的頭皮腦電圖大多預後良好， 異常頭皮腦電圖中雙側同步放電預後較好。 一側半球異常或彌漫性異常預後則較差， 局限性異常預後差， 尖慢綜合波、局限棘波等預後均差， 頭皮腦電圖定位在頂、枕中央區預後較好， 顳和額區預後較差， 兒童中顳棘波表示預後好。 頭皮腦電圖和發作之間並不完全一致， 頭皮腦電圖異常的臨床發作停止不是預後良好的徵象。
（6）治療早晚：發作在早期得到治療者預後較好， 發病幾年後才開始治療的預後不良。
（7）按療程服藥與否：堅持規律服藥、發作控制時間長的強直一陣攣發作，
總體來說， 癲癇患兒的平均壽命並沒有縮短， 但某些已知的腦器質性病變如腦腫瘤、腦穿通畸形、腦萎縮等症狀預後差。
