在臨床上， 由乙肝病毒引起的免疫病理分為三個階段， 免疫耐受期、免疫清除期(又稱病毒清除期)和病毒靜止期。
免疫耐受期不主張治療
在免疫耐受期， 乙肝病毒在體內大量複製， 但患者的免疫系統卻像一頭沉睡的獅子一樣， 既不能識別、又不能有效清除乙肝病毒。 這個時候如果治療， 效果就會非常差。 因此， 處於免疫耐受階段的患者， 一般不主張治療， 但要定期觀察肝功能， 尋找合適的抗病毒治療時機。
病毒靜止期以定期臨床醫學檢測為主
在病毒靜止期，
免疫清除期為抗病毒治療的最佳時機
在免疫清除期， 肝功能反復異常。 此期患者的免疫反應較好， 患者體內有乙肝病毒複製， 但同時機體也在積極地清除乙肝病毒， 只是在清除的過程中， 免疫系統會把帶毒的肝細胞作為靶細胞進行破壞， 因此會對肝細胞造成一定的免疫損傷， 在檢測肝功能時就會出現穀丙轉氨酶增高的現象。 此期為抗病毒治療的最佳時期， 臨床往往能取得較佳的效果。
目前醫學界的正規治療都是把抑制病毒複製，
一是沒有乙肝病毒的活動性複製；
二是沒有傳染性；
三是肝臟無明顯炎症；
四是病情穩定。
如果患者出現了以上四種特徵， 就可以說乙肝治好了， 但這種“好”是相對的， 乙肝患者仍需定期進行臨床醫學複查。
