潛伏期一般7~10天, 可長至21天。 臨床病程可分為三期。
(一)卡他期 從發病開始至出現痙咳, 一般約1~2周。 開始症狀類似感冒, 除咳嗽外, 可有流涕、噴嚏、輕度發熱, 也可只有乾咳, 並不引起注意。 當其他症狀逐漸消失時, 咳嗽反而加重, 日輕夜重, 漸呈痙咳狀。
(二)痙咳期 一般為2~6周(自數天至2個多月)。 陣發性、痙攣性咳嗽為本期特點。 發作時頻頻不間斷的短咳十餘聲或數十聲為呼氣狀態, 最後深長吸氣, 因其時喉部仍呈痙攣狀態, 故伴有高音調的雞鳴樣吼聲, 接著又發生下次的痙咳, 如此反復發作多次, 直至咯出粘稠痰液為止。
新生兒和幼嬰常無典型痙咳,
成人百日咳:近年來青少年和成人百日咳有增多趨勢, 可占流行時總病例的10.2%。 一組經細菌培養證實的成人百日咳, 平均年齡為35歲, 有典型症狀與痙咳後嘔吐, 但也可僅有數周乾咳, 罕有併發症。 大多數仍可堅持工作, 本人雖無多大痛苦, 但可作為傳染源, 尤其威脅小兒, 應予重視。
(三)恢復期 約2~3周。 陣發性痙咳減輕, 次數減少, 雞鳴樣吸氣聲消失, 患兒精神食欲逐漸恢復正常。 如有併發症, 此期可延長。