(1)嬰幼兒腹瀉時， 如大便無白細胞或偶見少量白細胞者， 為侵襲性細菌以外的病因引起的感染性和非感染性腹瀉， 常由於小腸受腸毒素或其他因素作用使分泌增加和吸收減少所致， 包括病毒、非侵襲性細菌、寄生蟲(梨形鞭毛蟲)等腸道內感染以及腸道外感染與非感染性因素(如餵養不當)等， 多為水瀉或伴脫水症狀。 應與下列疾病相鑒別。
①生理性腹瀉：多見於6個月以下的嬰兒， 患兒外觀較虛胖， 出生後不久即大便次數增多， 稀薄， 呈黃綠色， 但不伴嘔吐， 食欲好， 體重增加正常， 無其他症狀， 餵養時添加輔食後可自愈。
②導致小腸吸收功能障礙的各種疾病：如乳糖酶缺乏、蔗糖異麥芽糖酶缺乏、葡萄糖半乳糖吸收不良、失氯性腹瀉、短腸綜合征、腸激酶缺乏、原發性膽酸吸收不良、無β-脂蛋白血症、粥樣瀉(穀蛋白腸病)、牛奶蛋白過敏、大豆蛋白過敏及小麥蛋白過敏等， 以上疾病均為少見病， 且發病較早， 為慢性腹瀉。 患雙糖脂酶缺乏、單糖轉運障礙、蛋白過敏或穀蛋白腸病時， 去除有關食物則病情緩解， 可根據各病特點進行鑒別。
(2)嬰幼兒腹瀉時， 如大便中有較多的白細胞， 表明結腸或末端回腸有侵襲性炎症病變。 常由於各種侵襲性細菌感染所致， 大多伴有不同程度的全身中毒症狀。 此時僅憑臨床表現往往難以區別， 必要時須作大便細菌培養。
①細菌性痢疾：1歲以內嬰兒痢疾的臨床表現多不典型， 常無裡急後重或粘液血便， 相反， 近幾年來發現某些埃希氏大腸桿菌等引起的腹瀉， 大便可一過性出現較多膿球， 極易誤診為菌痢。 但菌痢是一種傳染病， 若注意進行流行病學的調查， 多數可詢問出接觸史， 且大便鏡檢可見較多的膿細胞、紅細胞和吞噬細胞， 並能培養出痢疾桿菌。
②嬰幼兒急性出血壞死性腸炎：本病中毒症狀嚴重， 具有腹瀉、腹脹、便血、高熱及嘔吐五大症狀。 早期呈水樣便， 繼而轉為暗紅色、果醬樣或血性大便。 腹脹多較嚴重。 可早期出現休克現象， 甚至出現昏迷、驚厥。 大便隱血試驗強陽性， 腹部X線片見小腸局限性充氣擴張、腸間隙增寬等。
③阿米巴痢疾：本病大便中雖有白細胞而數量較少， 可見有大量紅細胞， 並可查到阿米巴滋養體， 無明顯的全身中毒症狀。
