兒童精神分裂症的病因尚不明確， 目前一致認為可能是下列因素相互作用或共同作用的結果。
遺傳因素
遺傳因素在兒童精神分裂症病因中具有重要作用。 最新研究發現在第6、第8對染色體上有異常基因位點。 文獻報導， 兒童精神分裂症患者家族中有精神病遺傳史者為16%~64%;父母同患精神分裂症， 其子女有40%的患病危險;父母之一患病， 子女發生精神分裂症的危險率為7%~17%， 而普通人群為1%左右。
性格特徵
大多數精神分裂症患兒為內向性格， 表現孤僻、膽小、興趣少、敏感、怕羞、話少、主動積極性差。 但一般認為病前性格並非發病的決定因素，
中樞神經系統損傷
精神分裂症患兒中有圍生期損傷、感染、中毒病史者多。 臨床發現有步態、姿勢、平衡協調運動、肌張力等異常徵象。 腦電圖異常率也較高。
生化代謝異常
傳統觀念認為中樞多巴胺系統活動過度和去甲腎上腺素的功能不足與兒童精神分裂症發病有關。 最近大量研究顯示， 腦內5-羥色胺、谷氨酸、和內啡肽的水準變化也與兒童精神分裂症發病有關。
心理因素
社會、家庭、心理因素對兒童精神分裂症的發生、發展及預後均有重要影響。 相當多的患者是受到強烈驚嚇、親人死亡、受委屈或諷刺、父母離異、學習負擔過重或升學未能如願等精神因素誘發兒童精神分裂症者。
