臨床表現除了具備帕金森病的臨床特點外， 診斷原發性帕金森病需先除外可能造成類似症狀的各種繼發性病因， 尚有突出的錐體束征、小腦萎縮、認知損害等， 受累部位範圍較廣， 症狀較重， 對抗帕金森病藥物反應不佳， 那麼多系統變性-帕金森綜合征診斷主要包括以下幾種。
多系統萎縮 目前分為兩種類型， 表現為運動遲緩等帕金森綜合征症狀， 有突出的小腦損害， 但無論何種類型， 首發症狀多為自主神經症狀， 如便秘、體位性低血壓， 尿瀦留， 男性有勃起障礙等， 可在出現帕金森綜合征之前數年即存在。
進行性核上性麻痹以假球麻痹、垂直性核上性眼肌麻痹、錐體外系肌僵直、步態障礙和輕度癡呆為主要臨床特徵。 比原發性帕金森病的患者較早出現步態不穩、跌跤現象。
皮質基底節變性主要臨床表現為運動減少、肌陣攣、姿勢障礙、肢體肌張力增高、皮層複合覺缺失、失用， 異己肢感現象等。 晚期可出現癡呆、步態不穩和平衡障礙。
路易體癡呆主要症狀為波動性認知障礙， 帕金森病樣表現和幻覺。 進行性加重的皮質性癡呆是其特徵性症狀， 可伴發失語、失認、失用和空間定向障礙。 部分以肌僵直、運動減少、姿勢障礙、步態異常和震顫等帕金森病樣表現為首發症狀。
