本病和慢性非特異性潰瘍性結腸炎兩者統稱為炎症性腸病。 克羅恩病在整個胃腸道的任何部位均可發生， 但好發於末端回腸和右半結腸。 以腹痛、腹瀉、腸梗阻為主要症狀， 且有發熱、營養障礙等腸外表現。 病程多遷延， 常有反復， 不易根治。
比較多樣， 與腸內病變的部位、範圍、嚴重程度、病程長短以及有無併發症有關。 典型病例多在青年期緩慢起病， 病程常在克羅恩病數月至數年以上。 活動期和緩解期長短不一， 相互交替出現， 反復發作中呈漸進性進展。 少數急性起病， 可有高熱、毒血症狀和急腹症表現，
一腹瀉常見(87%~95%。 多數每日大便6~9次， 一般無膿血或粘液；如直腸受累可有膿血及裡急後重感。
二腹痛常見(50%-90%)。 多位於右下腹， 與末端回腸病變有關。 餐後腹痛與胃腸反射有關。 腸粘膜下炎症刺激痛覺感受器， 使肌層收縮， 腸壁被牽拉而劇痛。 漿膜受累、腸周圍膿腫、腸粘連和腸梗阻、腸穿孔和急性腹膜炎以及中毒性巨結腸等均能導致腹痛。 以急性闌尾克羅恩病為首發症狀的僅占1.8%,但克羅恩病病程中出現一般急性闌尾炎的可達84%~95%。
三發熱占85%-94%。 活動性腸道炎症及組織破壞後毒素的吸收等均能引起發熱。 一般為中等度熱或低熱，
四腹塊約1/3病例出現腹塊， 以右下腹和臍周多見。 腸粘連、腸壁和腸系膜增厚、腸系膜淋巴結腫大、內瘺形成以及腹內膿腫等均可引起腹塊。 易與腹腔結核和腫瘤等混淆。
五便血與潰瘍性結腸炎相比， 便鮮血者多， 量一般不少。
六其他表現有噁心、嘔吐、納差、乏力、稍瘦、貧血、低白蛋白血症等營養障礙和腸道外表現以及由併發症引起的臨床表現。
