病毒感染
病毒感染是誘發兒童與青少年睾丸萎縮最為常見的病因， 尤其是流行性腮腺炎病毒， 俗稱“痄腮”病。 當睾丸受此病毒侵襲後， 睾丸內的生精組織會受到破壞， 睾丸體積縮小， 質地變軟。
炎症
重度睾丸炎， 發病時睾丸腫脹、疼痛， 可以持續多日。 由於細菌侵犯而造成睾丸組織破壞， 導致睾丸組織發生萎縮。
放射性物質影響
凡是較長時間接觸放射性物質者， 例如長期從事X線、同位素等職業人員， 如未作很好保護， 會引起睾丸萎縮症。
內分泌疾病
睾丸是一種內分泌器官， 主要產生雄性激素， 而身體上許多指揮內分泌的器官，
藥物影響
長期服用某些有毒性藥物， 例如砷劑， 或者反復使用對抗雄激素的雌激素類藥物， 例如乙芪酚等， 都會引起睾丸萎縮。
某些疾病
睾丸萎縮的原因可能是精索靜脈的鬱滯、陰囊溫度較正常人為高、睾丸營養障礙以及毒素等原因所致。 如精索靜脈曲張， 有時也可造成睾丸萎縮、男性精索裡的靜脈因某種原因所致的回流受阻， 可發生蔓狀盤曲擴張， 稱精索靜脈曲張。 在男性不育症中， 有精索靜脈曲張的， 約占15%～20%。 嚴重的精索靜脈曲張不育者的睾丸一般多有萎縮現象。
後天性睾丸萎縮多由於創傷、睾丸疾患及感染所引起。
