1、功能性囊腫：這類囊腫在生育年齡的女性中最為常見， 發生在排卵週期的育齡婦女， 有卵泡囊腫、黃體囊腫、黃素囊腫、多囊卵巢， 這是由於內分泌機能失調、促黃體素分泌不足、藥物刺激等造成的過度生理性反應所致。
對這類囊腫， 觀察是最好的辦法。 通常過幾天到兩周左右， 它們大部分會自動消失。 因此醫生會告訴你， 月經一結束再來照一次超聲波， 如果一點都沒縮小， 才考慮是非功能性囊腫。 如果觀察一兩個月都未縮小或消失， 可採用中藥調理內分泌， 直至症狀消失。 只有在少數的情況下， 如囊中如孕三個月、腰痛、造成子宮扭曲等嚴重症狀時才需要開刀切除。
2、出血性囊腫：有時濾泡囊腫及黃體囊腫生長過速， 造成卵巢的組織牽扯而裂開流血。 這些血液因沒有出口出去而積在卵巢裡， 就稱為出血性囊腫。
這種囊腫一般會自行消失但所需時間較長。 如果出現身體不適的現象， 則可服藥減緩症狀。 只有在少數的情況下， 病人呈現較嚴重症狀時才需要開刀切除。
3、漿液性上皮囊腫及黏液性上皮囊腫：在觀察三個月後， 仍然存在的囊腫有可能是屬於上皮卵巢囊腫， 而非功能性囊腫。 這是因為具有分泌功能的漿液細胞及黏液細胞在排卵後被包埋在卵巢內， 不斷的分泌液體形成囊腫。
4、卵巢癌：罹患卵巢癌的機率相當低，
5、巧克力囊腫（子宮內膜異位瘤）：是指子宮內膜異位症長在卵巢內， 在卵巢內形成大量黏稠咖啡色像巧克力狀的液體。 因為子宮內膜異位瘤會隨著時間增加而變大， 漸漸侵蝕正常的組織， 造成卵巢組織不可逆的損害。
藥物治療效果差， 難以消除囊腫。 較小的巧克力囊腫可及早採用中醫治療， 可達到縮小肌瘤、防止復發的目的。 巧克力囊腫囊壁常常很糟脆， 容易自發破裂， 破裂後， 其濃稠的巧克力樣囊內液可流入腹腔。 這種巧克力樣液體的刺激性極強， 可刺激周圍的腹膜， 引起劇烈的腹痛， 要及時就醫。 經過評估其嚴重性後， 可能需要開刀處理。
6、畸胎瘤：這是一種很特別的囊腫， 可能是在胚胎時期的細胞分化上出了問題， 經過很久的時間才表現出來。 它會在卵巢內生成毛髮、牙齒還有一些油脂類的聚集。
由於畸胎瘤本身不會自行消失， 而且還有可能不斷的成長， 另有15%機率會造成卵巢扭轉， 所以最好及早切除。 一般來說惡性的比率小於千分之一。
