自身免疫性肝炎患者中可測到多種自身抗體， 如抗核抗體、抗平滑肌抗體、抗肝-腎微粒抗體、唾液酸糖蛋白受體抗體、抗可溶性肝抗原抗體等， 其測定對於自身免疫性肝炎的診斷、臨床分型具有至關重要的作用。
（1）抗核抗體：抗核抗體不具有特異性， 主要在DNA和組蛋白中檢出， 可與多種重組核抗原起反應， 是肝細胞損傷的標誌， 9%~14%的自身免疫性肝炎患者中抗核抗體陽性。
（2）抗平滑肌抗體：抗平滑肌抗體是1型自身免疫性肝炎最主要的抗體， 經常與抗核抗體同時存在， 僅有26%的患者抗平滑肌抗體單獨存在。
（3）抗肝-腎微粒體抗體（LKM）：抗LKM有三種亞型， 抗LKM1陽性且滴度較高的患者大多為年輕的女性， 抗-LKM2對替尼酸有特異性， 抗-LKM3主要見於丁型肝炎病毒感染的患者。
（4）唾液酸糖蛋白受體抗體：88%的患者自身免疫性肝炎患者有唾液酸糖蛋白受體抗體陽性， 與炎症的活動程度密切相關， 一般經過免疫抑制劑治療後有效的患者唾液酸糖蛋白受體抗體減少。
（5）抗可溶性肝抗原抗體：可溶性肝抗原可能是肝細胞胞質的成分， 肝臟炎症活動度的下降的患者抗可溶性肝抗原抗體滴度隨之下降。
