一、局部治療
主要目的是消炎、止痛， 促進潰瘍癒合。 治療方法較多， 根據病情選用：
1、含漱劑
0.25%金黴素溶液， 1：5000氯已定洗必泰溶液， 1：5000高錳酸鉀溶液， 1：5000呋喃西林溶液等。
2、含片
杜米芬含片， 溶菌酶含片， 氯已定含片。
3、散劑
冰硼散， 錫類散， 青黛散， 養陰生肌散等是中醫治療口腔潰瘍的主要藥。 此外， 複方倍他米松撒布亦有消炎、止痛、促進潰瘍癒合作用。
4、藥膜
其基質中含有抗生素及可的松等藥物。 貼於潰瘍上， 有減輕疼痛， 保護潰瘍面， 促進癒合的作用。
5、止痛劑
有0.5%～1%普魯卡因液， 0.5%～1%達克羅寧液， 0.5%～1%地卡因液， 用時塗於潰瘍面上， 連續2次，
6、燒灼法
適用於潰瘍數目少、面積小且間歇期長者。 方法是先用2%地卡因表面麻醉後， 隔濕， 擦乾潰瘍面， 用一面積小於潰瘍面的小棉球蘸上10%硝酸銀液或50%三氮醋酸酊或碘酚液， 放於潰瘍面上， 至表面發白為度。 這些藥物可使潰瘍面上蛋白質沉澱而形成薄膜保護潰瘍面， 促進癒合。
7、局部封閉
適用于重型復發性阿弗他潰瘍。 以2.5%醋酸潑尼龍混懸液0.5～1ml加入1%普魯卡因液1ml注射於潰瘍下部組織內， 每週1～2次， 共用2～4次。 有加速潰瘍癒合作用。
8、鐳射治療
用氦氖鐳射照射， 可使黏膜再生過程活躍， 炎症反應下降， 促進癒合。
二、全身治療
1、免疫抑制劑
若能經檢查確定為自身免疫性疾病， 採用免疫抑制劑則有明顯療效。 常用藥物為潑尼松（強的松）。
2、免疫調節劑和增強劑
左旋咪唑用於需增強細胞免疫作用者。
丙種球蛋白適用於體液免疫功能減退者。 不宜長期使用。
轉移因數適用於細胞免疫功能降低或缺陷者。
維生素維生素類藥物可維持正常的代謝功能， 促進病損癒合。 在潰瘍發作時給予維生素C 0.1～0.2g， 一日3次， 複合維生素B每次1片， 一日3次。
女性激素女性發病與月經週期有關者可慎用雌激素， 已烯雌酚。
微量元素血清鋅含量降低者補鋅後病情有好轉， 可用1%硫酸鋅糖漿或硫酸鋅片。
