一般非典型瘧疾應與下列疾病相鑒別。
敗血症
瘧疾急起高熱, 熱型稽留或弛張者, 類似敗血症。 但敗血症全身中毒症狀重;有局灶性炎症或轉移性化膿病灶;白細胞總數及中性粒細胞增高;血培養可有病原菌生長。
鉤端螺旋體病
本病流行多在秋收季節, 與參加秋收接觸疫水有密切關係。 臨床典型症狀“寒熱酸痛一身乏, 眼紅腿痛淋巴大”可供鑒別。
絲蟲病
急性絲蟲病有時需與瘧疾鑒別, 鑒別主要依離心性淋巴管炎, 血片中找到微絲蚴。
傷寒、副傷寒
一般起病不急, 持續高熱, 常無寒戰及大汗, 有聽力減退,
急性血吸蟲病
來自流行區, 近期接觸過疫水, 有皮疹, 嗜酸性粒細胞明顯增高, 血吸蟲皮試陽性, 大便孵化陽性, 即可確診為血吸蟲病。
其它如粟粒性結核、膽道感染引起的長熱程發熱也要注意鑒別。
腦型瘧疾
本病發生易與流行性乙型腦炎、中毒性痢疾、中暑相混淆。 通常要仔細反復查找瘧原蟲。 毒痢還應做糞常規、培養。 一時弄不清可先用抗瘧藥治療以等待結果。
黑尿熱應與急性溶血性貧血鑒別, 如胡豆黃;陣發性血紅蛋白尿。