臨床應用發現， 安宮牛黃丸對腦外傷、重症肝炎、農藥中毒等導致的意識障礙或昏迷， 均有十分顯著的療效。 藥理研究表明：安宮牛黃丸有鎮靜、抗驚厥、解熱、抗炎、降低血壓、降低機體耗氧量等作用， 還對細菌內毒素性腦損害細胞有一定保護作用。
中風閉證用藥前清洗結腸， 將安宮牛黃丸栓一枚經肛門置入直腸， 每日1～2次， 每次1枚。 配合西藥對症治療。 適用於中風閉證和熱證， 證見突然昏迷， 不省人事， 半身不遂， 口眼歪斜， 牙關緊閉， 面赤氣粗， 喉間痰鳴， 舌質紅， 苔黃膩者。
腦外傷綜合征每次服1丸， 每日兩次。
有機磷農藥中毒口服或鼻飼， 每次1丸， 4小時服1次， 熱降時停服。 安宮牛黃丸適用於有機磷農藥中毒引起的高熱(40℃以上)、神昏、痰壅等邪陷心營等證。
急性黃疸型肝炎(肝昏迷)首次服兩粒， 8小時後再服1粒。 同時可配合大黃30克泡開水鼻飼。 適用于全身黃染， 鞏膜色黃如金， 昏睡， 時有譫語， 全身大汗， 呼吸有腐敗味， 體溫升高， 小便深黃， 大便幹， 胸脅脹滿， 下腹拒按， 舌質紅， 苔黃膩等。
乙型腦炎將安宮牛黃丸製成冰凍栓劑， 每粒含純藥3克。 3歲以下者每次1/2粒， 4～10歲每次1～2粒， 置入肛門內2～6釐米， 對深眠或深昏迷患者用手阻壓肛門口10～15分鐘。 6～12小時重置1次。
肺腦病低氧血症每次1丸， 每日2～3次， 開水調服或經鼻飼管導入。 並酌情給予對症支持療法。 適用于昏睡不醒， 呼之不應， 喘促痰鳴， 呼吸氣促， 咳吐黃膿痰量多， 面唇青紫， 脈滑數的患者。
嬰幼兒肺炎3個月以下者每次服1/6丸， 3個月以上者每次1/3丸， 每日3次。 一般口服， 昏迷或嚴重呼吸困難者插胃管注入。 此藥可配合常規抗感染藥同用。
中晚期肝癌每日服1丸， 溫水調化， 飯後服。 病情較穩定後改為每日服半丸， 10丸為1療程。 同時可配合湯藥治療。 安宮牛黃丸對控制肝癌出現發熱、黃疸、肝痛、消化道出血、納呆等症狀有較好療效， 對肺癌發熱也有一定效果。 安宮牛黃丸為蜜丸(亦有散劑)， 每丸重3克， 成人每次可口服1丸，
若昏迷不能口服者， 可用溫開水化開， 由鼻飼管給藥。
