急性期或間斷發作期, 本期病員糞便多呈水樣或糊狀, 滋養體極易死亡而趨崩解, 所以檢查時應取新鮮標本做濕塗片(生理鹽水), 為了保持滋養體的活力, 送檢的標本應注意保溫。 鏡下觀察多可見到處於活躍運動狀態的滋養體, 依此據即可做出診斷。
亞急性期或慢性期:此期病員糞便已基本成形, 內含包囊, 一般採用2%的碘液直接塗片法即可確診。 為提高檢出率, 亦可採用硫酸鋅浮聚或醛-醚濃集等方法。 由於包囊排出具有間斷性, 採用隔日查一次, 連續查三次的方法, 可大大提高檢出率。
小腸液檢查:臨床疑有本病而糞便中未查到蟲體時可進行十二指腸引流或膽汁鏡檢。
小腸活組織檢查:對糞便和小腸液檢查均顯示陰性的可疑病例, 可利用內窺鏡在小腸Treitz韌帶附近摘取粘膜組織, 進行壓片初檢, 或固定後, 用Giemsa染色。 染色的賈第蟲著紫色, 腸上皮細胞呈粉紅色,