在胚胎的第5~7周, 分別自心室尖部由下而上、心球脊處自上而下形成肌性間隔, 並由來自房室瓣處心內膜墊的膜部間隔與前二者相互融合, 形成完整的心室間隔, 將左右心室腔完全隔開, 如果在此發育過程中出現異常, 即會造成相應部位的心室間隔缺損。 一般系單個缺損, 偶見多發者。
按照缺損所處的部位, 一般將其分為下列四種類型。 ①室上脊上缺損:缺損鄰近肺動脈瓣環或主動脈瓣環。 面積較大的主動脈瓣環下缺損, 由於右冠瓣缺乏足夠的支持, 舒張期時該瓣可向缺損處脫垂, 產生主動脈瓣關閉不全。
⑴室上脊上缺損;⑵室上脊下缺損;⑶隔瓣後缺損;⑷肌部缺損
心室間隔缺損口徑的大小, 可從數毫米至數釐米不等, 缺損的邊緣組織可為纖維性、肌性或兼而有之。 肌性間隔缺損的口徑隨心動週期的不同時相有所改變, 心室收縮期時口徑相應變小。