腮腺炎腦炎：是流行性腮腺炎的常見併發症之一， 是由腮腺炎病毒直接侵犯腦組織而引起的。 病人會出現腦炎的表現， 如劇烈頭痛、嘔吐， 甚至昏迷、抽搐等。 按一般病毒性腦炎的治療原則給以治療， 大多數病人預後是好的， 少數病人可遺留耳聾、視力下降等後遺症。
睾丸炎：腮腺炎病毒對人體的腺體組織有親和力， 因此也可損傷睾丸。 睾丸炎多發生在成人， 12歲以下的小孩較少見。 這種併發症多發生在腮腺腫大後1個星期左右， 病人可出現睾丸腫脹。 輕度腫大如核桃， 明顯腫大如雞蛋大小， 疼痛劇烈，
胰腺炎：腮腺炎病毒也常侵犯胰腺， 引起胰腺炎。 胰腺炎多發生在腮腺腫脹後3～7天， 表現為突然出現體溫升高、噁心、嘔吐、上腹部疼痛， 腹痛常很劇烈， 腹壁比較緊張， 病人不讓摸或壓。 經過1個星期， 症狀往往可以消失。 部分病人病情很輕， 不易發現， 尿澱粉酶或血脂肪酶升高可確診。
此外， 對於女性患者， 腮腺炎還可以引起卵巢炎或乳腺炎， 但較少見。
