有許多種甲狀腺激素製劑提供替代治療， 包括T4 (左旋甲狀腺素)， 3碘甲腺原氨酸(Liothyronine， 碘塞羅寧)， 兩種激素的混合製劑和動物甲狀腺乾粉。 人工合成T 4 (左旋甲狀腺素)更好， 平均維持劑量75~125μg/d口服， 但開始劑量必須要低， 特別是老年伴有心臟病病人和長期嚴重甲狀腺功能減退病人(除非是粘液性水腫昏迷)。 吸收相當穩定， 約為劑量的70%。 T3 產生自外周組織。 一般老年人維持劑量可以減少， 孕婦增多。 如同時服用減少T4 吸收或增加膽汁中排泄中的藥物， 則劑量同樣需增加。 嬰兒和幼小兒童劑量見第269節甲狀腺功能減退。
T 3 (碘塞羅寧)不宜用於長期單獨替代治療， 因為半壽期短， 需每日2次服用。 給予標準T3 替代劑量(25~50μg/d)， 2~4小時內致使迅速增加血清T3 濃 度達300~1000ng/dl(4。 62~15。 4nmol/L)， 因為其吸收近乎完全， 經24小時恢復正常。 所以在估計接受這種方案病人的T3 水準時， 醫生要知道激素服用時間。 此外， T3 治療的病人， 至少1天中有數小時呈化學性甲亢狀態， 因此病人可能處於較大心臟危險。
類似血清T3 水準見於服用T3 和T4 混合製劑口服， 雖然因為T3 劑量較少， T 3 峰值略低。 用合成T4 替代治療， 反應出不同類型的血清T3 。 服用足夠量T4 ， 血清T3 逐漸增加， 維持正常水準。 動物甲狀腺乾粉製劑含有不恒定量T3 和T4 ， 不應該使用，
粘液性水腫昏迷， 開始需用大劑量T4 (200~500μg靜脈給予)或T3 (40μg/d靜脈給予)。 維持量T4 50~100μg/d靜脈給予或T3 10~20μg/d靜脈給予， 直至可以口服T4 。 由於中樞性甲減一開始不能排除， 所以同樣需給予皮質類固醇。 不應將病人體溫迅速恢復正常， 以致威脅心律紊亂。 低氧血症常見， 應在治療一開始就測定PaO2 。 如肺泡換氣受損， 需立即行呼吸機呼吸。 促發疾病要立即治療， 液體要謹慎補充， 因為甲減病人排泄水分不暢。 最後， 因為甲減病人代謝較正常人慢， 所以服用藥物需謹慎。
亞臨床甲狀腺功能減退症
無症狀或提示有輕微甲減伴隨正常血清FT4 ， FT3 和高血清TSH濃度。
亞臨床甲減在以往幾年變得相對多見， 因現在有敏感TSH(S-TSH)測定。 亞臨床甲狀腺功能減退特別多見於老年女性，
