五味子果實成熟採收後， 挑選籽粒飽滿、粒大、無病害的五味子果實， 在溫水（40―45℃）中浸泡3天， 搓去果肉， 選出種子， 再用水選法去掉秕粒， 存放於通風乾燥處， 乾燥後進行層積處理。 層積處理方法是將準備好的種子與3倍品質的濕沙充分混合， 沙子濕度以手捏不成團為度， 挖60cm×60cm×60cm的坑槽， 種子與沙子混合物厚度40cm埋土15cm， 再蓋一層草， 用土壓住， 四周挖好排水溝， 防雨水灌入。 在此過程中定期檢查防止種子發黴， 如發現有黴菌菌落產生可用百菌清1000倍液或用甲基托布津1000倍液噴霧處理。 一般層積處理90―120天， 見胚根稍露即可播種。
如果層積時地槽溫度較高， 達8―12℃， 70―90d即可播種。 也可將種子與沙子混勻後裝入木箱等視窗內放入菜窖裡進行層積， 五味子種子層積要根據播期來確定溫度、時間， 避免出現層積後胚根突破種皮時播種田地溫較低不能播種的現象， 而造成損失。 低溫濕沙層積處裡五味子種子， 種胚短時間內可完成形態後熟。 層積中後期通過低溫層積處降低五味子種子的內源抑物質活性， 促進種子萌發。
