腹瀉的原發疾病或病因診斷主要須從病史、症狀、體征、常規化驗特別是糞便檢驗中獲得依據。 許多病倒通過仔細分析病史和上述檢查的初步結果， 往往可以得出正確診斷。 如診斷仍不清楚， 可進一步作X線鋇灌腸和鋇餐檢查， 和（或）直、結腸鏡檢查。 如仍無明確結論， 則鬚根據不同情況選用超聲、CT、內鏡逆行膽胰管造影（ERCP）等影像診斷方法以檢查膽、胰疾病， 或進行小腸吸收功能試驗、呼氣試驗、小腸粘膜活檢以檢查小腸吸收不良。 高度懷疑腸結核、腸阿米巴病等有特效治療的疾病， 經過努力都不能確診時，
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