根據上述臨床特徵， 在大規模流行時， 診斷不困難。 但散在發生時， 須與口蹄疫、皰疹性咽頰炎、風疹等鑒別：
(１)皰疹性口炎四季均可發病， 以散在為主。 一般無皮疹， 偶爾在下腹部可出現皰疹。
(２)口蹄疫由口蹄疫病毒引起， 目前有7個血清型、65個亞型。 主要侵犯豬、牛、馬等家畜。 對人雖然可致病， 但不敏感。 一般發生于畜牧區， 成人牧民多見， 四季均有。 口腔粘膜疹易融合成較大潰瘍， 手背及指、趾間有疹子， 有癢痛感。
(3)皰疹性咽頰炎， 可由CoxA組病毒引起， 病變在口腔後部;如扁桃體、軟齶、懸雍垂， 很少累及頰粘膜、舌、齦。 不典型、散在性HFMD很難與出疹發熱性疾病鑒別，
醫生通常能根據病人的年齡、病人或家長的訴說的症狀， 及檢查皮疹和潰瘍來鑒別手足口病和其他原因所致的口腔潰瘍。 可將咽拭子或糞便標本送至實驗室檢測病毒， 但病毒檢測需要2－4周才能出結果， 因此醫生通常不提出做此項檢查。 依據:流行病學資料、臨床表現、實驗室檢查、確診時須有病原學的檢查依據。
嬰幼兒和兒童普遍多發， 4歲及4歲以下嬰幼兒更容易得病。 由於成人的免疫系統較完善， 成人一旦感染一般不發病， 也無任何症狀。 但感染後會會成為病毒傳播者， 把病毒傳染給孩子， 這也就是很多家長說的， 在手足口病流行期間沒有讓孩子出過一天家門，
