有觀察表明， 男性淋菌性尿道炎常合併沙眼衣原體感染;衣原體是介於細菌與病毒之間的細胞內寄生微生物， 衣原體引起的尿道炎是非淋菌性尿道炎的主要原因， 臨床表現同淋菌性尿道炎相似， 但較淋菌性尿道炎輕。
如果懷疑得了淋病而不作病原體檢查， 說是否合併有沙眼衣原體感染， 僅治療淋病， 往往難以取得效果。
病原體檢查其實很簡單， 只要將分泌物經染色塗片進行顯微鏡檢查即可。 如果想明確淋病是否合併有沙眼衣原體感染， 則應檢測患者尿道上皮細胞有無衣原體包涵體，
國外性病專家認為， 男性尿道炎者均應同時進行淋球菌及沙眼衣原體檢測， 如果沒有條件進行檢測， 則應同時進行治療， 以免遺漏， 轉成慢性或發生更多合併症。
淋球菌對治療藥物有抗藥性是淋病難以治癒的另一原因。 目前世界上已經發現有對喹諾酮類藥物耐藥的淋球菌， 這種細菌在世界許多地方都有流行， 近年在亞洲也有蔓延的趨勢。 對青酶素及四環素等抗生素耐藥的淋球菌則更多。 如果治療用這些已被耐受的藥物， 效果當然不好。
感染淋球菌後， 細菌會由淺入深、由表及裡逐漸侵入。 如果治療及時合理， 會比較容易將細菌清除。 如果治療不及時， 細菌很容易上行， 一般在感染2周後可以侵入後尿道，
梅毒：
