懷孕一般不會導致甲亢病情惡化, 故甲亢並非妊娠的絕對禁忌症。 一般建議甲亢患者最好是在疾病痊癒, 完全停藥後再懷孕。 但如果患者現階段病情已得到良好控制, 僅需小劑量藥物維持, 也允許懷孕, 一般認為不會增加孕期併發症, 母親和新生兒預後良好。
相反, 如果甲亢病情控制不佳, 則不宜懷孕。 否則, 容易引起流產、早產, 另外, 甲亢孕婦代謝亢進, 不能為胎兒提供足夠的營養及氧氣, 可導致胎兒生長受限、胎兒宮內窘迫。
在用藥方面, 甲亢孕婦應當選擇丙基硫氧嘧啶而不是他巴唑, 前者與孕婦體內蛋白結合後分子量較大,
抗甲狀腺藥物可從乳汁分泌, 影響胎兒甲狀腺功能, 故甲亢患者服ATD治療時, 不宜哺乳。